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En 1995, le Coordinateur du Projet "Lutte biologique en Afrique" ; de la GTZ, situé à Cotonou, Bénin a eu l'idée de s"appuyer sur le Conseil Phytosanitaire Interafricain (CPI) pour la répercussion de la philosophie de ce projet à travers tout le continent. Au cours de cette étape de coopération avec le CPI, les besoins d'harmonisation des politiques phytosanitaires ont été exprimés par les pays africains. Pour résoudre ce problème, le coordonnateur du projet "Lute Biologique en Afrique" et le Secrétaire Scientifique du CPI ont décidé de concevoir un nouveau projet. En 1998, ce projet a été présenté et approuvé par l'Assemblée Générale du CPI à Prétoria, Afrique du Sud.

La majorité des gouvernements africains sont signataires de la Convention de l'Organisation Mondiale du Commerce sur les mesures sanitaires et phytosanitaires. Certains pays africains ont déjà signé les deux Conventions. Malheureusement dans la plupart des cas en Afrique, les Inspecteurs phytosanitaires et les agents chargés de la quarantaine ne sont pas suffisamment qualifiés pour mieux apprécier les exigences et les implications de ce conventions internationales dans le domaine de l'import/export des produits agricoles. Actuellement, le manque de structures et d'informations appropriées pour faire les analyses du risque des pesticides conduit les agents responsables de la quarantaine à prendre des décisions arbitraires à cause de l'ignorance du développement des ravageurs agricoles du pays exportateur.

La disponibilité des listes A1 (risque élevé) et A2 (risque faible) des ravageurs dans un pays est un avantage de l'amélioration de la réglementation phytosanitaire.

Suite aux recommandations des 18ème et 19ème Assemblées Générales du CPI tenues respectivement à Prétoria en Afrique du Sud en 1998 et à Bafoussam (Cameroun) en 2000, sur la quarantaine et la législation phytosanitaire, le Conseil Phytosanitaire Interafricain, le NRI, la FAO et la GTZ avaient été chargés de la collecte et de l'analyse des législations phytosanitaires en Afrique et de formuler les directives pour les mettre à la disposition des pays membres de l'Union Africaine. Pour assurer le suivi de ces recommandations, le Secrétariat Scientifique du CPI a organisé une réunion pour le lancement du Projet Harmonisation de la Législation Phytosanitaire en Afrique (HLPA) entre le Conseil Phytosanitaire Interafricain (CPI) et le National Ressource Institute (NRI) du Royaume Uni. Ce projet a été signé le 28 Mars 2001 à l'Institut de Recherche pour la Protection des Végétaux en Afrique du Sud. Le financement du Projet est assuré par le DFID.